儿童结肠炎的用药主要结合结肠炎临床症状采用药物，孩子结肠炎会表现出肚脐周围阵发性疼痛，同时可能伴有腹泻、发烧、呕吐等等一系列症状。如果结肠炎的症状是由于细菌感染引起，要结合病原体种类来选择使用抗生素类的药物，一般选用三代头孢类的药物，使用的剂量要结合儿童的体重进行用药量的调整。
如果是病毒性感染引起，会对症治疗，选择益生菌类药物，如整肠生胶囊或者双歧杆菌类药物。因为病毒性结肠炎在治疗的过程中，一周左右可能会治愈。还有一些儿童肠炎就是由于饮食不当、着凉等原因引起的结肠炎，一般采用对症治疗，如痉挛引起的疼痛，可以口服山莨菪碱止痛，采用腹部热敷、手法按摩等等方法，腹痛也可以得到缓解。