肛窦炎初期患者多为保守治疗，选择具有抗菌消炎、消肿镇痛功效的药物。药物治疗无效或者已经形成脓肿或瘘管的患者采取手术治疗，术后2个月可恢复正常，注意术后卫生，防止诱发其他疾病或复发。
一、一般治疗
肛窦炎发病初期多为保守治疗，可口服抗菌药物、外用栓剂或膏剂。可以用温盐水或者中药坐浴，使局部保持清洁。注意积极治疗腹泻和便秘，使排便规律正常，消除诱发因素。
二、药物治疗
1、局部用药：肛门局部可使用抗菌消炎、消肿镇痛的药物，缓解疼痛、瘙痒等症状。可使用吲哚美辛栓、美沙拉嗪栓、痔疮栓、奥硝唑栓等。
2、全身用药：本病由细菌感染导致，需要进行抗菌消炎治疗，可根据细菌的不同种类选用不同的抗生素。常用的药物有阿莫西林、阿奇霉素等。
三、手术治疗
因为肛窦的开口向上，不利于引流，若肛窦内已成脓者，或并发有肛乳头肥大、隐性瘘管者，宜手术治疗。手术包括肛窦切开术以及肛窦切除术，术后根据医嘱定时换药，注意肛周清洁，可进行坐浴。
四、中医治疗
中医治疗肛窦炎，需要根据辨证分型进行用药。
1、湿热型：患者表现为肛门灼热疼痛、乳头水肿，伴心烦口苦，小便赤黄，大便干燥，宜清热利湿，方用龙胆泻肝汤。
2、热毒型：烦热、口渴、大便秘结、小便短赤、肛内灼痛，可溢出血水或脓水，宜清热解毒，方用内疏黄连汤。
3、湿浊型：肛窦及肛乳头水肿，皮肤糜烂，肛门湿痒，可伴腹胀纳呆、身重困倦等，宜利湿化浊，方用萆薢渗湿汤。
4、虚火型：肛门部微痛、下坠，肛窦或肛乳头暗红，伴大便干涩，口渴，宜养阴清热润便，方用增液汤。
五、其他治疗
1、熏洗坐浴：可使用温盐水或者1:5000的高锰酸钾溶液进行熏洗坐浴，或使用黄柏、大黄、地榆、艾叶煎水，进行熏洗和坐浴。
2、灌肠治疗：使用甲硝唑氯化钠注射液20毫升保留灌肠，每日2次。