小儿遗传性椭圆形红细胞增多症的病因主要来自于遗传学因素，大多数为常染色体显性遗传，少数是常染色体隐性遗传。好发于携带异常突变基因患儿、有家族史的儿童。诱发因素是孕妇在孕期接触危害因素。
一、主要病因
引起本病膜缺陷的分子遗传学异常有膜收缩蛋白α链基因异常(称为αHE突变)、膜收缩蛋白α链低表达等位基因(称为αLE，包括αLELY、其他αLE、α链基因缺如等)、膜收缩蛋白β链基因异常、4.1蛋白异常及血型糖蛋白C和D(D为C的变异型)缺乏。其中主要为膜收缩蛋白结构异常，少数为红细胞膜的4.1蛋白缺乏或带3蛋白与锚蛋白的结合缺陷所致。
二、诱发因素
孕妇在孕期接触危害因素如吸烟、酒精、辐射、药物、重金属等，可能造成基因突变，导致胎儿出生后患病。