双侧基底节区腔隙性脑梗塞的治疗方法，包括抗血小板聚集治疗、降纤治疗和神经脑保护治疗、改善侧支循环治疗等。如果双侧基底节区腔隙性脑梗塞为新鲜脑梗塞，则可使用溶栓治疗，除溶栓治疗以外，也可给予巴曲酶等降纤治疗，丁苯酞治疗也可以改善患者的侧支循环，从而改善患者的临床症状。
除此以外，抗血小板聚集治疗是腔隙性脑梗塞的基本治疗方法，可给予阿司匹林或氯吡格雷进行抗血小板治疗。抗血小板治疗以后，需密切注意观察患者有无皮肤黏膜以及牙龈出血等副作用。