支原体肺炎感染后通常会有2-3周的潜伏期，在这个时刻它的传染性较小，之后会出现症状，进而会出现乏力、头痛、咽痛、肌肉酸痛，咳嗽会明显，多为发作性干咳，夜间较重，也可产生脓痰，持久性的阵发性剧烈咳嗽是支原体肺炎较为典型的表现。发热一般为中等度发热，也可以不出现发热，可伴有鼻咽部和耳部的疼痛，也可伴有气促、呼吸困难，咽部、鼓膜可以见到充血，颈部淋巴结肿大，10%到20%病人出现斑丘疹或多形红斑。
在整体的病程中，X线显示病变经常在3-4周后自行消失。对于肺炎支原体的治疗通常是大环内酯类的药物为首选，对大环内酯类不敏感的可选用喹诺酮类的药物。支原体肺炎的整体的病程有个体差异，但是对于支原体肺炎的治疗要达到应有的疗程。