舌咽神经痛的临床症状一般为：疼痛呈电击样剧痛，大部分发生在一侧，疼痛部位比三叉神经痛痛点深，常在耳深部，舌根，颚扁桃体，咽侧壁，扁桃体窝等处发作性剧痛，并向耳深部位放射。每次疼痛持续时间在数十秒甚至数分钟，连续发作的时间可持续数分钟到数日不等。一些动作都可能引发疼痛，比如吞咽，说话，咳嗽，喷嚏，转头等都可诱发疼痛。