脾囊肿的患者一般需要联合治疗，大约需要两周或六个月。若囊肿较小可以不采取手术治疗，若发现囊肿逐渐变大，需要及时诊断并安排手术治疗切除囊肿。
一、一般治疗
小的无症状的非寄生虫性脾囊肿一般不需要治疗，可进行观察随访。
二、药物治疗
1、对于寄生虫引起的脾囊肿患者，需要服用阿苯达唑药物，进行驱虫杀虫。但是服用抗寄生虫的药物，在大多数情况下不能将患者治愈，需要药物治疗的同时联合手术治疗。
2、当有炎症时，需要服用罗红霉素、头孢氨苄等消炎药，待囊肿疼痛、感染消失后，进行手术切除治疗。
三、手术治疗
脾囊肿的治疗以手术治疗为主，医生根据囊肿的大小、部位，有没有累及其他器官，并发症有没有出现等情况，判断采取何种手术方式。
1、脾部分切除：当囊肿为单发，在脾脏深部或两侧的某一处时，进行部分切除术既可以保留脾脏的正常功能，也可以将囊肿完整切除。
2、全脾切除术：对于囊肿数量较多、脾内囊肿由寄生虫引起、囊肿位于脾门且较大等情况，需要进行全脾切除术。
3、腹腔镜手术：腹腔镜手术是大多数脾囊肿外科治疗的主流，腹腔镜可以在保留脾脏功能的情况下清除脾囊肿，使患者恢复健康。