女性肾囊肿的症状取决于囊肿的大小以及囊肿的增长情况。一般情况下对于单纯性的肾囊肿，直径<4cm以下，不会出现明显的症状。一旦囊肿逐渐增大，超过4cm以上，对肾的实质造成压迫症状时，可以产生腰疼、血尿以及复杂性的尿路感染。
而女性患者如果合并有先天性的多囊肾时，可以出现明显的腰痛、腹痛、腹胀等，而且尿路感染的发生率更高。个别患者会在肾囊肿的基础上出现肾囊肿合并出血及积脓，导致腹痛和腰痛加重，而且疼痛的性质发生改变。