学习障碍的原因在目前并未明确，可能为遗传因素、大脑器质性损伤、大脑皮质功能失调、生化系统不平衡及环境因素共同参与其发病。本病好发于个体的发育阶段中发生脑损伤或脑功能受损的儿童、有学习障碍家族史的儿童、早期发展阶段的营养不良的婴幼儿。
1、遗传因素：在对双胞胎或家族系谱的研究中发现，学习障碍可以受基因遗传的影响。比如学习障碍中的亚型阅读障碍，就具有家族高发的特性，遗传率可高达42%，1号、6号、15号染色体上的基因可能与本病的发生有关。
2、大脑损伤：造成脑损伤或脑功能受损在个体的发育阶段中可分为出生前、出生时和出生后三个时期。出生前时期常见的原因为脑出血或脑缺氧。出生后的个体疾病也可能造成脑部受伤，如感染性的脑病变、脑血管疾病、脑肿瘤或癫痫等。外力受伤如车祸、意外伤害、战争等。
3、母语和文字特性的影响：使用表音文字(如英语)的国家儿童阅读障碍发生率，较使用表意文字(如汉字)的国家儿童高，两者具有不同的认知加工过程，推测阅读障碍和文字特性存在一定的关联。
4、环境因素和营养因素：
（1）环境因素家庭和学校教育均会直接影响儿童的学习动机和兴趣，学业成绩又会影响儿童自尊和自信的建立。家庭环境不良、简单粗暴的教养方式、培养目标和期望过高、教学方法不当等，均可导致和(或)加重儿童学习困难，并继发情绪问题。
（2）幼儿生活和学习环境中的铅水平过高，可能使儿童血铅增高，导致注意困难、易激惹、睡眠困难、记忆力下降及学习困难。
（3）有报道称食品中过高添加剂、防腐剂、色素等也可影响儿童神经系统功能，使学习能力受损。
（4）如果受某些疾病或小儿挑食所影响，早期发育阶段的营养不良会造成因婴幼儿的学习能力发展迟缓。