儿童精神分裂症以综合治疗为原则，主要采取抗精神病药物治疗、心理治疗和教育训练相结合，各种治疗的选择，除了根据临床主要症状之外，还要结合患儿具体情况，如年龄、躯体发育、营养状况加以全面考虑。抗精神病药物常用为利培酮、喹硫平、氯丙嗪、氯哌啶醇、奋乃静、舒必利和氯氮平等，显效率50%~60%。
一、药物治疗
儿童药物治疗应该从小剂量开始，隔3~5天增加剂量，并密切观察药物的不良反应。在治疗过程中当一种药物无效更换另一种药物时，应注意是否用足够的剂量及足够疗程，剂量不足和过早的换药是治疗过程中最易发生的错误。通常认为是足量药物治疔6~8周后无效，才考虑更换药物。对缓解期患儿应继续维持相当长一段时间的抗精神病药。在治疗过程中要密切观察心血管不良反应、体重、血糖、血脂。有效者急性期治疗有效，按治疗程序，经过至少4~6周治疗后过渡到巩固期治疗和维持期治疗。
1、第一代抗精神病药：最早用于治疗精神分裂症，对患者的阳性症状有效，但对阴性症状疗效不佳。其不良反应多见，尤其是锥体外系反应较常见并易导致患者药物依从性差。
1、氯丙嗪：有明显的镇静、控制兴奋及抗幻觉妄想作用。口服或注射易于吸收，分布全身，肺部浓度高，脑中浓度相对较低，且分布不等。脑部以间脑结构较高，皮质、小脑含量较少。一般从小剂量开始。它能有效的治疗阳性症状，同时具有较强的镇静作用。长期治疗者容易导致迟发性运动障碍和药源性抑郁。
2、奋乃静、氟奋乃静、三氟拉嗪：此类药物镇静作用较弱，其有兴奋和激活作用，除有明显的抗幻觉妄想外，对情感淡漠、退缩、语言迟缓等症状有效，适应于慢性精神分裂症及躯体情况较差的患者。奋乃静12岁以下慎用，三氟拉嗪6岁以下儿童禁用。
3、泰尔登：镇静作用较氯丙嗪弱，但调整情绪、控制焦虑及抑制作用较强，用量同氯丙嗪。
4、氟哌啶醇：主要用于兴奋、躁动及幻觉妄想的患者。
2、第二代抗精神病药：第二代抗精神病药在药物依从性、生活质量耐受性和治疗满意度方面明显优于第一代抗精神病药，并且对精神分裂症的阴性症状作用显著，能改善认知功能。广泛的研究表明，这种效果能直接导致住院天数缩短，医疗资源节省及社会功能改善。
1、利培酮：通常被认为是非常有效的第二代抗精神病药物，对精神分裂症的阳性和阴性症状均有效。
2、喹硫平：1998年在英国最早上市，2002年在中国上市。该药对精神分裂症的阴性症状和阳性症状均有效，在整个治疗量范围内其锥体外系不良反应的发生率不高于安慰剂。
3、阿立哌唑：是新型抗精神病药物，属于多巴胺部分激动剂。它对多巴胺D2受体有部分激动作用对多巴胺D1受体有激动作用，对D2受体既是突触前自身受体激动剂，又是突触后受体阻滞药。即对5HT1A受体有部分激动活性，亦可拮抗5-HT2A受体而产生抗精神病效应。
二、手术治疗
本病无需手术治疗。
三、物理治疗
电抽搐治疗：又称电休克治疗，系以适量电流瞬间通过大脑，引起全身抽搐发作，同时造成意识的短暂丧失，是成人精神分裂症有效的治疗手段之一，但一般不主张用于儿童精神分裂症。主要用以控制急性兴奋躁动、严重抑郁、自伤自杀和紧张木僵、违拗拒食状态，对部分难治性精神分裂症也有效。电抽搐治疗起效较快，急性症状控制后仍需药物维持治疗。其不良反应和并发症主要为可恢复的短期记忆受损、骨折或脱臼、窦性心动过速，罕见呼吸窘迫、窒息等，其引发的死亡率极低，为0.3~3人/万。最近10余年来，对电抽搐治疗进行了改进，称为改良电抽搐治疗。同时，使用短暂麻醉和肌肉松弛剂，使患者心脏负荷减轻，意外减少，安全性更高，禁忌证及不良反应均明显减少。
四、心理治疗
1、认知行为治疗：行为矫正通过奖励可逐渐消除患儿的不良适应行为，认知行为治疗结合了认知的理论，帮助患儿识别不合理的、歪曲或错误的思维方式和内容，被认为是非常有效的心理治疗。有研究报道，该治疗有助于降低首发精神分裂症青少年自杀的概率。
2、社交技能训练：精神分裂症患儿常表现行为孤僻，不愿与人打交道。社交训练可教会儿童社交行为需注意的技巧，如社交用语、礼貌行为、如何参加游戏等。可以降低紧张、敌对情绪，减少或避免攻击行为的发生，有助于回归学校和社会。
3、家庭治疗：家庭治疗将“家庭”作为一个治疗单位，促使家庭成员之间的关系发生某些变化，帮助家庭成员正确认识疾病的性质，让父母学习适当的管理技巧，教育儿童学会自我控制，从而改善症状，减少家庭成员之问的矛盾冲突，协调家庭关系。