踝关节结核治疗为综合治疗，包括休息、饮食营养、抗结核药物治疗和局部病灶清除，其中标准的抗结核药物治疗是关键，要贯穿整个治疗过程。需要全身制动，因病施治，较大脓肿在情况允许的情况下实行局麻切开引流。脓肿较小配合透皮扩散的药物，人体可自行吸收。
一、药物治疗
抗结核药物：作用是抑制结核杆菌繁殖并杀灭结核杆菌。药物有一定的副作用，且需要视情况选择联合方案，需由医生开具后，严格遵医嘱使用，并定期复查。常用药物为异烟肼、利福平、毗嗪酰胺、链霉素和乙胺丁醇。
二、手术治疗
1、单纯滑膜结核：在单纯滑膜结核的早期，可先采用营养支持、休息、局部制动，若保守治疗无效，或滑膜已明显肥厚的应行滑膜切除术治疗，在手术方式的选择上，可在关节镜下行关节滑膜清理术，术后用小腿石膏托固定3周，后进行功能锻炼。关节镜技术的日趋成熟，已经可以在清除病灶的同时最大限度保护关节功能，术后关节腔可置管，用异烟肼、链霉素等抗结核药物持续冲洗，时间7～10天左右。
2、单纯骨结核：距离关节较远、且无明显死骨的单纯骨结核可适当地采用非手术疗法，一部分病例经过治疗后可逐渐治愈。非手术治疗方法无效，或局部有明显死骨或病灶有侵犯关节可能的都应及时采用病灶清除疗法。病灶清除后，如骨缺损较大，且无混合感染可植骨填充，可选用自体骨、异体骨或人工骨材料。
3、早期全关节结核：早期活动性全关节结核如无手术禁忌应及时做病灶清除，挽救关节功能。来自滑膜结核的早期全关节结核，可于关节镜下先切除水肿肥厚的滑膜，再刮除所有隐匿的骨病灶。应彻底刮除软骨关节面边缘的肉芽和被破坏的软骨面。术后处理同滑膜清除术。而来自骨型结核的全关节结核，如滑膜病变在早期，可先清除骨病灶，再镜下切除关节滑膜，术后处理和滑膜切除术相同。
4、晚期全关节结核：对于病变仍属活动的晚期全关节结核，可采用切开或结合关节镜技术进行病灶清除术，术后根据结核杆菌药敏试验、结核杆菌耐药基因检测等进行针对性地个体化化疗，对15岁以上的病人可同时做踝关节融合，将踝关节融合于90°～95°位。对于晚期全关节结核复发病例，应及时调整抗结核治疗方案，加入二线抗结核药物，择期进行病灶清理和关节融合术，术后根据结核杆菌药敏试验及耐药基因检测等进行针对性地个体化化疗。
三、其他治疗
局部限制活动：用石膏、支具，限制病变肢体活动，以保证病变部位的充分休息并减轻不适症状，防止骨骼破坏、继发骨折等损伤。