甲状舌管囊肿术后的复发率还是比较低的。医生会在手术中尽量彻底的切除囊肿及瘘管组织，减小术后的复发几率。术中需要仔细的检查和分离甲状舌管囊肿组织，这些囊肿和瘘管组织常常一直延伸到舌骨背面的区域，需要在尽量保护周围正常组织的情况下尽量彻底的切除这些组织。如果患者曾经有甲状舌管囊肿继发感染的历史，就可能会造成手术难度的增大，瘘管和囊肿组织会和周围粘连变得紧密。从总体上来看，发生囊肿残留和复发感染的几率是比较低的。