两者的区别较大，主要在于：1，禁忌症不同：装有心脏起搏器，疑有眼球内金属异物的患者严禁做磁共振检查。监护仪器、抢救器材不能带入磁共振检查室。一般认为磁共振检查对胎儿发育没有明显影响。而CT则无相关禁忌。2，临床意义不同：对于急性颅脑损伤、颅骨骨折、颅内出血、急性期及钙化病灶，磁共振不如CT显示清楚。对于颅内肿瘤的定性、癫痫及急性脑埂塞的诊断磁共振要优于CT。