脑静脉窦血栓的治疗，包括病因治疗、对症治疗、特异性治疗和远期治疗等，病因治疗是指对于感染性静脉窦血栓患者应使用敏感、足量、足疗程的抗生素以及处理原发病灶治疗。
对于非感染性的静脉窦血栓患者，则根据相应的病因进行治疗，对症治疗包括脱水降颅压以及癫痫发作患者的抗癫痫治疗等。
特异性治疗是指针对血栓本身的抗凝、溶栓或者机械取栓治疗，远期治疗是治疗原发病和危险因素，需口服抗凝剂3-6个月，INR目标值为2.0-3.0之间。