药物流产时有轻微的疼痛，但疼痛并不剧烈。药物流产的前两天服用米非司酮时患者没有腹痛，因为米非司酮只是孕激素的拮抗剂，使孕激素失去作用而使孕囊失去活性，本身没有引起子宫收缩的作用，所以不会引起腹痛和流血情况。第3天服用米索前列醇后，大约15-30分钟后患者会出现明显的宫缩而出现腹痛，疼痛一般比较轻微。孕囊和蜕膜排出时疼痛可加重，但是这种程度大多数患者都能忍受，待孕囊和大部分蜕膜排出后，患者的腹痛会明显减轻，轻微的腹痛持续半小时左右就会消失。如果患者宫颈条件不成熟，宫颈特别硬，做药物流产时孕囊不能顺利地通过宫颈口排出体外，刺激子宫出现强烈收缩，可以出现比较剧烈的腹痛。