1、流脑是细菌引起、乙脑是病毒引起。2、流脑为飞沫传播，乙脑是通过宿主传播。3、流行季节不同:流脑冬末开始，春季流行。4、乙脑流行季节严格，流行季节在夏季秋季。4斑疹:流脑有斑疹，乙脑没有菌血症期不出现斑疹。5、病程与预后:流脑病程在7至10天左右进入恢复期，预后好。乙脑15天左右进入恢复期预后差。6、治疗:流脑可用抗生素治疗，乙脑是病毒感染无有效的特别的治疗方法。