小儿先天性面肌双瘫综合征的发病的病因研究尚不明确，根据已经报道过的病例可分析与胚胎时期的发育异常有关，本病为先天性疾病。
一、主要病因
本病病因未明，有4种学说：
1、颅神经核发育不全或发育不良；
2、颅神经核被破坏；
3、周围神经受损；
4、原发性肌病，一般认为系遗传因素，呈常染色体显性遗传或常染色体隐性遗传。
二、诱发因素
妊娠期接触相关有害物质是诱发本病的重要因素，如接触药物四环素、氯霉素，长期处于辐射环境，长期接触有毒物质，叶酸的补充不足等，均可导致胎儿时期的发育异常。