支原体感染首选大环内酯类抗生素，有红霉素、罗红霉素和阿奇霉素等。对大环内酯类抗生素不敏感的可以选用呼吸氟喹诺酮类，有左氧氟沙星、莫西沙星等药物。另外四环素类药物也可以用于肺炎支原体感染的治疗，一般疗程是2-3周。肺炎支原体没有细胞壁，应用青霉素或头孢菌素类抗生素无效。在支原体感染时，还需要应用对症治疗的药物，对剧烈呛咳者应适当给予镇咳药。