手术切除是颅咽管瘤的主要治疗方法，理想的是一次手术全部切除，但由于其周围黏连紧密且位于脑内的深部，有时与下丘脑的核团相隔仅为数微米，故全切手术难度较大，危险性高。手术成功率高达90%，其全切病死率约3%~5%，致残率约10%。肿瘤复发最常见于术后5年之内，最长可达20年，因此术后随访不足10年者无重要意义。一般估计其20年内的复发率在15%~25%左右。