子宫内膜正常情况下是住在子宫体腔内的，随着女性体内雌孕激素的变化引起周期性脱落，随着阴道排出，即月经。当女性有输卵管炎症或者盆腔炎症时，一部分具有生长能力的子宫内膜异位到了卵巢上的时候，随着雌孕激素变化，异位的内膜也在长，但没有途径排出来，日积月累，越积越大，即形成了囊肿，即卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿。