卵圆孔未闭主要的鉴别诊断就是房间隔缺损，需要专业的正规的小儿心脏内外科医生，通过心脏超声和超声心动图等心脏检查，才能予以鉴别。一般房间隔缺损部位的直径稍大一些，多数大于4mm，所以通过心脏超声等必要的检查可以给予相应的鉴别诊断。然而二者在临床症状上表现非常相似，都会造成血栓形成等血管疾病，从而产生相应的症状，所以从症状上不易鉴别。