食管克罗恩病尚无有效的根治疗法，手术后复发率高，除非发生严重并发症，一般宜内科治疗，主要为对症治疗，包括营养支持、抗炎、免疫抑制剂治疗等。
一、药物治疗
1、抑制炎症药物：适用于慢性期和轻、中度急性期患者，不用于预防该病的复发。常用药物有水杨酸柳氮磺吡啶、美沙拉秦、奥沙拉秦、甲硝唑等。
2、糖皮质激素：类固醇皮质激素仍然是目前控制病情活动最有效的药物，适用于中、重度或爆发型患者。泼尼松为病情炎症急性期的首选药物。
3、免疫调节药物：如6-硫基嘌呤、甲氨蝶呤对慢性活动性食管克罗恩病有效。环孢素宜用于重症食管克罗恩病，起效快，但由于价格昂贵，不能普遍应用。近年来有人应用生物治疗，如针对CD4及TNFa的单克隆抗体、重组IL-10和黏附分子抑制剂等，取得一定的疗效。
4、生物制剂：包括肿瘤坏死因子阻断剂如英利昔、阿达木单抗，抑制Ｔ细胞激活药物如嵌合型扩大CD40单体(ch5D12)，抑制炎症细胞迁移和黏附药物如那他珠单抗，作用于其他细胞因子的药物如Fontoli-zumab､IL-6R单克隆抗体。
二、手术治疗
外科手术治疗仅适用于病变局限，药物治疗无效，已有食管梗阻，或合并穿孔、内瘘、出血者，但本病有反复发作的倾向，术后并发症、复发率均较高。手术主要是将病变局部的食管切除。
三、营养治疗
多数食管克罗恩病患者均有不同程度的营养不良，系因吞咽疼痛、进食困难、畏食、摄入不足以及炎症性疾病本身引起的消耗增加。营养支持治疗十分重要。应及时补充少渣的要素饮食，进食困难、有食管瘘管形成、不能保证热量需求者，应予全胃肠道外营养。
四、其他治疗
对症及支持治疗：抗分泌剂为减轻食管炎症症状、促进溃疡愈合，治疗食管克罗恩病常并用抗分泌剂如质子泵抑制剂或H2-受体拮抗药，以减少胃酸分泌和缓解胃食管酸反流。尤其是在应用皮质类固醇期间和合并有克罗恩病累及胃十二指肠者，并用抗分泌剂甚为有效。