乳头凹陷病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明，先天性因素和后天性的疾病因素都有可能造成乳头内陷。总之，为遗传因素及环境因素共同参与其发病。
一、主要病因
1、先天发育不良：先天发育原因引起的乳腺导管短缩、组织纤维化挛缩而致乳头凹陷，比如乳腺导管缩短、乳房内部纤维化挛缩、乳头平滑肌发育不良等。
2、恶性肿瘤：最常见的乳腺恶性肿瘤就是乳腺癌，当疾病侵袭乳腺导管时，可以导致乳腺导管短缩牵拉，从而引发乳头凹陷。
3、炎症因素：如果患者存在乳腺炎症疾病，也可能引起乳腺导管短缩和组织纤维化挛缩而致乳头凹陷。
二、诱发因素
1、乳腺手术：部分进行乳腺手术的人可能损伤乳腺导管，导致乳头内陷。
2、胸部外伤：可能损伤乳腺导管可能让乳头内陷。