真菌性皮肤病分类不同，治疗方针略有差异，总体应做到早发现、早治疗，并对具备传染性的真菌性皮肤病患者做好消毒隔离工作。多数真菌性皮肤病以药物治疗为主，包括外用药物以及口服药物；对于部分皮损患者，需要通过手术及物理方法解决；若有基础疾病，需要积极治疗；对于治疗周期长的患者，应定期检测，预防不良反应。
一、一般治疗
去除诱因，了解存在诱因并及时消除，如停用广谱抗生素，使用透气性好的衣物。
二、病因治疗
治疗糖尿病等慢性消耗性疾病，提高机体免疫力，停用抗生素或激素等药物。
三、药物治疗
1、伊曲康唑：抗真菌谱广，餐后口服生物利用度最高，吸收快，口服后3~4小时血药浓度达峰值。对于各种癣病尤其浅部真菌病，主张伊曲康唑胶囊口服治疗。对本品或辅料过敏者，注射氯化钾注射液的患者，重度肾功能损害患者，肌酐清除率＜30ml/min，有或曾有充血性心力衰竭病史的心室功能障碍患者以及孕妇禁用本品。
2、酮康唑：抗菌谱广，对深部、浅部真菌病均有效。
3、克霉唑：广谱抗真菌药，对多种真菌尤其是白色念珠菌具有较好抗菌作用，对浅表真菌及某些深部真菌均有抗菌作用。临床主要供外用，治疗皮肤霉菌病，如手足癣、体癣、阴道霉菌病等。
4、咪康唑：广谱抗真菌药，对致病性真菌几乎都有作用。对新生隐球菌、念珠菌、球孢子菌等抗菌活性好。对毛发癣菌和皮肤癣菌有效，临床主要供外用。
5、特比萘芬：具有广谱抗真菌活性，外用制剂适用于治疗各种浅部真菌感染，如手足癣、体癣、股癣、头癣等。内服制剂可用于甲真菌病、孢子丝菌病等深部真菌病。对本药或同类药物过敏者和严重肝、肾功能不全者禁用。
6、制霉菌素：主要用于内服治疗消化道真菌感染或外用于表面皮肤真菌感染，如念珠菌病人群。
7、两性霉素B：用于隐球菌、芽生菌、孢子丝菌、念珠菌等引起的内脏或全身感染。
8、碘酊：主要用于浅部真菌病，如头癣、甲真菌病。
9、硼酸溶液：一般用于手足癣的湿敷。
10、冰醋酸：多用于甲癣的治疗。
四、手术治疗
1、切除术：适用于着色芽生菌病小面积皮损，术中防止污染引起播散。
2、植皮：适用于着色芽生菌病大面积皮损，术中防止污染引起播散。
五、物理治疗
1、电烧灼：可用于治疗着色芽生菌病。
2、冷冻疗法：可用于治疗着色芽生菌病。
3、局部温热疗法：用于孢子丝菌病的治疗，可促进皮损消退。
六、其他治疗
二氧化碳激光治疗：可用于着色芽生菌病的治疗。