肠球菌常引起尿路感染、败血症、心内膜炎、腹盆腔等感染，也可致伤口感染、蜂窝织炎、脑膜炎，肠道感染，极少引起呼吸道感染。各部位感染可以表现相应的临床症状。
一、典型症状
1、尿路感染：粪肠球菌所致感染中，尿路感染最为常见。留置导尿管、输尿管内置导管或相关器械检查是尿路感染的常见诱因，常表现为下、上尿路感染，少为前列腺炎和肾周脓肿。可表现为发热、尿液浑浊。
2、败血症和心内膜炎：肠球菌可经尿路、腹腔、盆腔及烧伤后伤口感染而入血引起败血症；社区感染的肠球菌败血症常合并感染性心内膜炎，院内感染的肠球菌败血症较少合并心内膜炎。感染性心内膜炎病原菌中的5%～15%为肠球菌，其中以粪肠球菌最为常见，少数为屎肠球菌、鸟肠球菌、坚忍肠球菌等。败血症主要表现为高热、畏寒、寒战、头痛、关节肌肉疼痛，食欲减退、恶性、呕吐等全身感染中毒症状；感染性心内膜炎也可表现为发热，疲乏、软弱、食欲不振、体重减轻、进行性贫血。指、趾甲下线样或褐色条纹，眼结膜、颊黏膜、软腭、胸前和四肢关节等部位可见淤点。心脏杂音强度和性质改变或出现新的杂音。
3、腹腔、盆腔感染：常与其他细菌混合感染，较大肠杆菌和厌氧脆弱类杆菌引起者为少见。可表现为发热、腹痛、腹胀，腹部压痛。
二、其他症状
其他少见情况下肠球菌可致伤口感染、蜂窝织炎、脑膜炎。可表现为发热、伤口、软组织红肿、热痛；头痛、呕吐、颈强等。