肛门镜和结肠镜不一样，但是都可以诊断直肠肛门疾病：第1点，肛门镜长度较短，在暴露肛门后可以诊断直肠、肛门疾病，如混合痔、肛瘘、肛门息肉、乳头肥大等。结肠镜长度较长，可以暴露回盲部、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和直肠，用于诊断结肠内良性和恶性肿瘤。第2点，麻醉方式不同，肛门镜都不需要进行麻醉进行，肛门扩张后直接观察。结肠镜多需要进行全身麻醉，减轻患者痛苦。