急性坏死性肠炎的病因迄今尚不甚明了，多数学者认为和细菌感染有关。好发于营养不良者、食品卫生差者，不洁饮食、肠道感染等都可能诱发急性坏死性肠炎。营养不良者、食品卫生差者容易好发本病。
一、主要病因
1、目前研究多认为感染与C型产气荚膜梭状芽胞杆菌有关，C型产气荚膜梭状芽胞杆菌产生的β毒素能干扰肠黏膜表面毛的正常功能，影响肠道的清洗作用，病原体黏附肠黏膜而致病，β素可致肠道组织坏死，产生坏疽性肠炎。
2、在长期营养不良机体抵抗力下降、糖尿病或主食中缺乏蛋白质的个体中，当进食受C型产气荚膜芽胞杆菌污染或已变质的食物时，由于胰液和蛋白水解减少，不能分解破坏β毒素而发病。
3、变态反应亦参与发病。
二、诱发因素
不洁饮食、肠道感染、肠道缺血、肠屏障功能受损、成人呼吸窘迫综合证(ARDS)、先天性心脏病合并心衰、败血症、体克等均易诱发急性坏死性肠炎。