获得性免疫缺陷综合征主要的症状都是因为机体免疫严重损伤导致的机会性感染所引发的。消化系统的损伤是因为机体免疫功能差导致的消化系统感染性疾病。比如有白色的念珠菌引起的食管炎、也可以发生痢疾杆菌感染引起的痢疾、或者是鹅口疮，口腔溃疡、还有巨噬细胞病毒性食管炎、肠炎，隐孢子虫以及病毒性肝炎等导致的肝功异常，也可以有消化道肿瘤等。