甲状腺过氧化物酶抗体升高是确定原发性甲减病因的重要指标之一，也是诊断自身性免疫性甲状腺炎，如桥本甲状腺炎，萎缩性甲状腺炎的主要指标。有学者证实，甲状腺过氧化物酶高的患者甲状腺有淋巴细胞侵润，若过氧化物酶阳性伴血清TSH水平增高，说明甲状腺细胞已经发生损伤，当过氧化物酶大于50IU/ml和TgAb大于40IU/ml，患者之后临床甲减和亚临床甲减的发生率升高。