肠毛滴虫病的治疗目的主要是消除病原虫，通常采用硝基咪唑类抗菌药物治疗，首选甲硝唑，治疗周期一般为短期治疗。
一、药物治疗
1、甲硝唑：是本病首选药物，应用期间应减少钠盐摄入量，本品的代谢产物可使尿液呈深红色。消化道不良反应最为常见，包括恶心、呕吐等，一般不影响治疗。
2、替硝唑：抗毛滴虫作用较明显，与甲硝唑相比作用相同，是常用的抗滴虫药。不良反应少而轻微，偶有消化道症状，个别有眩晕感、口腔金属昧、皮疹等。
3、塞克硝唑：本药作用于原虫或厌氧菌的生长期，破坏DNA链或抑制DNA的合成，导致原虫和厌氧菌死亡，对于滴虫有较强的杀灭作用，常见不良反应为口腔金属异味。
二、手术治疗
本病一般不需要手术治疗。