难治性肾病综合征首先要明确肾病综合征的难治的病因，并采取积极的措施。如果是激素依赖性或激素无效型的情况，可以加用免疫抑制剂，如环磷酰胺、硫唑嘌呤、霉酚酸酯等药物，或者使用雷公藤多苷片或昆明山海棠等药物，但是有一些药物是需要监测血药浓度。
也可以使用中药治疗，中药根据肾病综合征的辨证情况来治疗，如果是脾肾气虚型的可以使用参芪地黄汤治疗，如果是脾肾阳虚型的可以使用真武汤治疗，如果气滞血瘀型的可以使用桃红四物汤治疗，效果一般比较好。中药不仅能较好的治疗肾病综合征，还可以减少激素和免疫抑制剂的副作用，从而保护肾功能。