自身免疫性甲状腺疾病，是免疫系统在保护甲状腺的时候误伤了甲状腺，免疫系统应该是保护人体，但是它把甲状腺自己的成分，比如甲状腺球蛋白、甲状腺微粒体、促甲状腺激素受体认为是敌人，产生了防御反应，就会产生针对这些所谓抗原的自身抗体。自身抗体的出现一方面可以引起甲状腺自身免疫疾病。另外，这些抗体的出现，也意味着出现了自身免疫性的炎症，有些自身抗体，比如促甲状腺激素受体抗体，它可以引起叫弥漫性甲状腺肿伴甲亢，这是一种非常常见的自身免疫性甲状腺疾病，它表现的是甲状腺合成分泌甲状腺激素增多，高代谢，甲状腺肿，甚至甲状腺相关眼病。另外，像桥本氏甲状腺炎，还有产后甲状腺炎，属于自身免疫性甲状腺炎，同时自身免疫性的甲状腺疾病，它形成的自身抗体，有可能对其他的细胞或者器官造成损伤，比如有些自身免疫性甲状腺疾病，可以出现尿蛋白，医生通过病理检查发现是膜性肾病，各种的自身免疫性甲状腺疾病，医生会明确诊断以后采取不同的治疗方法，有的会采取调节免疫的药物来治疗。