结核性腹膜炎的预后取决于患者体质，是否及时治疗，是否坚持治疗，结核杆菌的耐药性等多种因素，一般治疗需要6-12个月，如合并有肠梗阻，肠穿孔以及化脓性腹膜炎等多重并发症可以预后时间更长。同时如有其他部位的结核感染如肺结核，肠结核女性输卵管结核等部位的感染治疗周期也是需要延长的。尤其是特殊部位结核如女性输卵管或卵巢结核周期可以达到1-3年才可以根除该菌。