甲状腺囊肿是不可以自行愈合的。如果确定有甲状腺囊肿不足一厘米的话，建议继续观察，每年复查一次彩超，进行性的观察就可以了。如果甲状腺肿物超过一厘米，这种情况下必须要做手术治疗，手术以后要做病理学检查，然后根据术后的病理制定下一步的治疗方案，手术以后要定期复查甲状腺功能，绝大多数情况下应该是良性肿瘤，但是也有甲状腺囊腺癌的风险。