1、期待治疗，仅适应于轻度内异症患者，定期随访，可以用镇痛药。2、药物治疗口服避孕药：长期应用造成类似妊娠的人工闭经，亦称假孕疗法；孕激素治疗；孕激素受体拮抗剂如米非司酮；孕三烯酮，也是一种假孕疗法；达那唑；促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）。3、手术治疗：包括保留生育功能得手术即切净或破坏所有可见病灶、分离粘连、回恢复正常的解剖结构；保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢；最后一个手术治疗方式是根治性手术即将子宫双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除。