睾丸萎缩的治疗在于治疗原发病。药物治疗常用激素类药物，如甲基睾丸素等，抗感染类药物，如左氧氟沙星等。手术治疗适用于睾丸严重缺血、睾丸癌患者等。可通过药物治疗及手术治疗方法去除病因，通常1~3个月可恢复睾丸功能。
一、药物治疗
1、甲基睾丸素：睾丸萎缩患者睾丸功能下降，导致其分泌的雄激素不足，无法促进睾丸的发育和成熟。甲基睾丸素属于性激素类药物，可以用于补充体内缺乏的雄激素。
2、抗感染药物：感染引起的睾丸萎缩或睾丸萎缩伴有睾丸炎症发生时，应用抗感染药物。感染的致病菌不同，应用的药物种类不同，如泌尿系感染应用头孢菌素、左氧氟沙星，如腮腺炎病毒引起的则使用利巴韦林。
二、手术治疗
睾丸切除术：如已明确睾丸萎缩、功能丧失，应该考虑手术切除。一侧睾丸萎缩会引起对侧睾丸交感性睾丸炎，影响对侧睾丸的功能。适用于睾丸严重缺血、睾丸癌患者，切除因缺血而严重受损的睾丸。