脑脓肿进行穿刺，首先有引起穿刺道出血的风险，因为穿刺大多是进行盲穿，看不到血管的位置。另外穿刺有可能导致脓肿腔内的脓液外流，从而引起化脓性脑炎和脑膜炎的风险。另外穿刺过程中损伤脑组织，也有诱发癫痫的风险，可以引起肢体抽搐。不过虽然有这些风险，但穿刺治疗仍然是有效的治疗方法之一，因为上述风险并不是100%的会出现，相对来说出现的几率还是比较小的。