导致儿童尖锐湿疣的主要致病因素是人类乳头瘤病毒感染，如接触物感染、异体接种或自体接种感染，还有宫内感染、性传染途径等。儿童尖锐湿疣通常是由非性接触传染途径所导致，患儿的父母及家庭成员中有尖锐湿疣病史是儿童尖锐湿疣感染的主要因素，该病可由和患者人群进行性接触、医生检查完患病儿童未彻底消毒造成二次传染等因素诱发。
1、接触物感染：儿童在日常生活中与有尖锐湿疣的患者或人乳头瘤病毒感染者，如其父母、家庭中其他成员或保姆、幼教老师等的密切接触而被传染，这些接触物可能是尖锐湿疣损害、病变分泌物以及被人乳头瘤病毒污染的衣物、毛巾等。
2、异体接种或自体接种感染：通过手接触生殖器传染，如当有尖锐湿疣的患者之手接触尖锐湿疣损害或人乳头瘤病毒污染的物品后，再接触正常儿童皮肤黏膜则引起异体间接种传染，或有尖锐湿疣的患儿接触疣体的手再接触其自体正常皮肤黏膜而导致自体接种传染。
3、宫内感染：在妊娠期间孕妇人乳头瘤病毒感染通过胎盘传染给胎儿，胎儿通过吞饮含人乳头瘤病毒的羊水而被传染，或者婴幼儿经过有尖锐湿疣或人乳头瘤病毒感染的产道时被传染。
4、性传播感染：多数学者认为儿童虽然没有性行为，但也可能通过性暴力和(或)性虐待感染人乳头瘤病毒，继而发生尖锐湿疣，在儿童尖锐湿疣中约40%~80%是遭受性虐待所引起的。
5、医源性感染：医护人员检查完患儿再携带病菌到其他患者身上，造成病菌的传播。