大部分主要是因为胎儿存在染色体发育异常。另外，感染、药物因素也可以引起流产；如果母亲患有严重的全身性疾病，也可以发生流产。子宫发育畸形，子宫粘膜下肌瘤都可以影响胚胎着床发育，引起流产；如果母体黄体功能不足、甲状腺功能减退、严重糖尿病血糖不能控制良好，也可以导致流产；在妊娠期间，如果过量吸烟、酗酒、过量饮咖啡，甚至过度紧张、焦虑、恐惧，这些不良刺激也可以导致流产；过多的接触射线，苯、铅等化学物质也可引起流产。