四价宫颈癌疫苗目前认为安全，副作用也相对比较少。目前从研究观察的数据结果来说，疫苗最常见的不良事件是接种部位疼痛和发热，比如接种部位的红、肿、硬结、瘙痒等可能性。这些症状一般都比较轻微，不会超过两天，基本上不需要特殊处理，可以自己缓解。
还有少部分人可能会出现接种之后头晕、肌肉无力、肌肉麻痹、皮肤过敏、皮疹的现象，发生几率更为罕见。至于严重的，比如消化系统、呼吸系统的症状，精神紊乱，还有静脉栓塞风险，发生几率基本上是几十万分之一，发生几率非常之低，所以四价宫颈癌疫苗总体来说安全。