肛门指检包括肛外指检和肛内指检，是肛肠科最常用，最简便的检查方法。肛外指检是指用手触及肛门旁边有没硬结，肿块，触痛，波动感，有无瘘管以及瘘管走向。肛内指诊是指医师戴上手套，在食指和肛门口涂上润滑油，将食指伸入肛门内的检查。肛内指诊或一般可以查出距肛7cm以下的直肠内病变。指诊可以检查有无肿瘤，直肠息肉，痔疮，肛乳头肥大，肛乳头状瘤，黏膜下有无包块，肛隐窝有无触痛等。指诊可以对直肠疾病有个初步判断，如需进一步明确，则往往需要做结肠镜检查。