引起慢性结肠炎的原因包括过敏因素、感染因素、滥用抗生素，具体如下：
1、过敏因素：主要是肠道性过敏，是受致敏物质刺激，自身免疫引起反应，释放出自卫物质而激发大量免疫细胞凝聚、均结集在消化道黏膜表面，从而引起黏膜表面水肿充血及渗液等炎症发生。
2、感染因素：感染在结肠炎病因中是主要病因之一。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果，这说明抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌，可减低临床症状，一般认为都与感染有关。
3、滥用抗生素：导致肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起肠炎。