对于便秘与腹泻交替进行的情况，首先建议查明引起这种情况的原因，如果排除了器质性病变，就考虑为功能性因素，这种情况下可以补充益生菌来进行调理，必要时也可以做粪菌移植，这种效果是很不错的。
便秘、腹泻交替最常见的疾病主要有肠结核、结核性腹膜炎、胃肠道功能紊乱、结肠息肉、结肠肿瘤、普通结肠炎等，一旦出现这种情况可以用助消化以及调节肠道菌群的药物。
助消化药物可以选择米曲菌胰酶片、复方消化酶，调节肠道菌群药物可以选择地衣芽孢杆菌、乳酸菌、双歧杆菌三联活菌片、双歧杆菌四联活菌片等，这些均可以调节便秘、腹泻交替进行的情况，但是疗效是有限的，还需要积极的查明病因。