甲状腺囊肿的治疗旨在维持患者的身体健康，提升患者生活的幸福感，减轻患者的不适感及避免并发症的短期治疗，一般早期无症状者定期复诊监测即可，有症状者主要通过手术和中医治疗改善症状。
一、药物治疗
甲状腺囊肿术后可以使用头孢地尼、头孢他啶等进行抗感染治疗。
二、手术治疗
1、抽吸、硬化治疗：对于明确良性患者，可采用抽吸、硬化治疗，用细针穿刺抽吸囊肿里的脓液，注射硬化剂，使囊腔闭塞，具有创口小、安全、高效的优点。
2、甲状腺切除术：包括常规甲状腺切除术、经口甲状腺切除术、内镜甲状腺切除术。
3、手术指证：
（1）当患者出现甲状腺肿压迫周围邻近组织，如压迫气管出现呼吸困难或压迫食管出现吞咽困难时，应给予手术治疗。
（2）当患者甲状腺肿有一定恶变率时，需要给予手术治疗。
（3）当甲状腺肿影响患者的正常工作、生活时，应及时手术。
（4）当患者通过抗甲状腺药物或碘-131治疗后复发或不能长期用药时，应及时进行手术。
三、中医治疗
中医治疗主要包括以下气滞型、血瘀型和痰凝型三型：
1、气滞型：发病主要与精神因素有关，一般通过理气解郁法治疗，如服用逍遥散。
2、血瘀型：一般颈部肿物出现突然，有不适和疼痛感，一般用活血祛瘀法治疗，如服用桃红四物汤。
3、痰凝型：主要通过化痰软坚法治疗，如服用海藻玉壶汤。