根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类如下：
1、外瘘和内瘘：外瘘至少有内、外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2~3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。
2、低位瘘和高位瘘：瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。
3、单纯性肛瘘和复杂性肛瘘：前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：
4、括约肌间型：最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤，约占70%。
5、经括约肌型：瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出，约占25%。
6、括约肌上型：不常见，瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出，约占5%。
7、括约肌外型：少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下，约占1%。