家族性腺瘤性息肉病的治疗周期为长期间歇性治疗，COX-2抑制剂药物能够抑制息肉的生长，如塞来昔布、舒林酸。但是最终的治疗仍需采用手术治疗的方式，如全结肠切除、回肠-直肠吻合术、全结直肠切除、末端回肠造口术等。
一、药物治疗
COX-2抑制剂：1、塞来昔布：适合年龄小、息肉数量少者及结肠镜下切除息肉术后者，能明显减少息肉数量并呈剂量依赖，目前研究认为COX-2对细胞凋亡的影响主要与P53基因有关。塞来昔布联合结肠镜高频电刀切除患者息肉数量明显减少，无复发，提示塞来昔布联合结肠镜高频电刀切除治疗家族性腺瘤性息肉病有效、安全。初期服药有个别案例出现上腹部隐痛，继续服药后症状消失，副作用较小。
2、舒林酸：舒林酸的长期维持治疗可使家族性腺瘤性息肉病患者结直肠腺瘤保持长期显著消退状态，在维持治疗期间，患者肠道内的息肉数目基本稳定在原有消退水平。少量残留腺瘤亦较用药前有明显减小，异型程度下降。舒林酸对腺瘤的抑制是暂时的、可逆的。患者仍需定期复查肠镜，早期发现结直肠癌。
二、手术治疗
家族性腺瘤性息肉病患者外科手术治疗的目的是通过切除已存在病变和可能发生病变的肠段预防结直肠癌的发生发展。手术方法包括全结肠切除加回肠-直肠吻合术、全结直肠切除加末端回肠造口术、全结肠切除加直肠黏膜剥脱及回肠储袋肛管吻合术。病情不同，具体的手术治疗方案不同。
1、全结肠切除、回肠-直肠吻合术：适用于直肠息肉较少者，手术操作简单，术后肛门功能保持完整，具有良好的排便功能，且无性功能障碍，术后并发症少，易被患者接受。缺点是需要对残留直肠病变定期复查肠镜，不能保证避免癌变，可能需再次手术。
2、全结直肠切除、末端回肠造口术：适用于直肠下端病变，已发展成侵袭性癌，无法保留肛门者，治疗较彻底，复发率低。
3、全结肠切除、直肠黏膜剥脱及回肠储袋肛管吻合术：适合直肠息肉较多，但未到直肠下端者，切除全部大肠黏膜，杜绝息肉再生，防止癌变，同时保留了控制排便括约肌的功能，保留性功能，此方式术后并发症多，如可出现吻合口漏、盆腔感染、吻合口裂开、狭窄、排便次数增多及腹泻等。