先天性食管闭锁是新生儿期消化道的一种严重发育畸形，日常预防需要注意产前检查，以及妊娠期尽量不要服用药物。
1、产前检查：做好产前检查，通过对于孕妇和胎儿的监护及早预防和发现并发症，减少其不良影响。可检查羊水中甲胎蛋白的含量。当正常妊娠15-20周时，羊水中甲胎蛋白的含量在10微克/毫升以下。先天性食道闭锁有甲胎蛋白增高。
2、妊娠期尽量不要服用药物：孕12周前，胎儿正处于窗口敏感期，各器官在发育的过程中容易受到各种因素的影响，乱服用药会造成畸形、流产或胎死宫内等情况。