病毒性脑炎大多数可完全恢复，无后遗症。不良的预后与病变严重程度、病毒种类（如单纯疱疹病毒感染预后差）、患儿年龄（小于2岁幼儿）相关。临床病情重，全脑弥漫性病变者、脑部存在出血坏死等情况，预后较差，往往遗留惊厥、抽搐、意识障碍，智力、运动、心理行为、视力或听力残疾，多汗、流涎等自主神经功能失调，偏瘫甚至全身瘫痪等症状。