治疗扁平疣的外用药物分为抗病毒药物和具有剥脱或腐蚀性功能的药物。常用的抗病毒外用药物有：干扰素、咪喹莫特、5-氟尿嘧啶、阿昔洛韦等。剥脱性药物主要是维A酸及水杨酸外用制剂，比如维A酸软膏、他扎罗汀凝胶以及10%水杨酸软膏等。还有些具有腐蚀性兼有抗病毒的制剂，比如鬼臼毒素町等。以及中药药膏制剂，比如鸦胆子等。