心源性脑栓塞最主要的治疗是抗凝，减少心脏再次形成新的栓子。心源性脑栓塞最大的病因是心房颤动，房颤时在左心房，尤其是左心耳内形成血栓，一旦栓子脱落则有可能游走至大脑动脉，形成栓塞，往往症状严重，溶栓效果欠佳。对于这样的患者，需要积极加用抗凝药物，比如达比加群或利伐沙班等，减少心脏内血栓的形成，避免栓塞。另外一些亚急性细菌性心内膜炎的患者，心脏内也有很多赘生物，有发生脱落引起栓塞可能，这样的患者需要行外科手术进行瓣膜修复，赘生物清除，同时加用抗生素治疗。对于脑栓塞后引起的肢体障碍等，则按照神经内科标准治疗进行抗凝、抗血小板、调脂，功能康复等。